每一個有機肥料生產廠都是根據當地資源情況來確定原料的，通常有機肥生產的主要原材料是畜禽糞便、城市污泥、草炭和作物秸稈等。原料的不同、生產工藝的差異使得有機肥料生產廠主要污染工序和污染物有所不同。
（1）以草炭為原料的有機肥生產廠。主要污染工序是草炭粉碎和篩選過程。污染物有草炭在粉碎和篩選過程產生的粉塵、粉碎機和篩選設備運行時產生的噪聲和職工日常生活廢水、垃圾。
（2）以粉碎的作物秸稈為原料的有機肥生產廠。主要污染工序是秸稈粉碎和堆肥過程。污染物有秸稈在粉碎過程產生的粉塵、堆肥過程產生氨氣、粉碎機運行時產生的噪聲和職工日常生活廢水、垃圾。
（3）以城市污泥為原料的有機肥生產廠。主要污染工序是好氧堆肥和篩選過程。污染物有堆肥過程產生的臭氣、化篩選和分級篩選過程產生的粉塵、篩選設備運行時產生的噪聲和職工日常生活廢水、垃圾。
（4）以畜禽糞便為原料的有機肥料生產。方法較多，有的工藝單一、有的工藝比較復雜，因此主要污染工序、污染物也不相同。具體情況如下：
①烘干法。該方法生產有機肥的主要污染工序是雞糞在烘干筒中烘干過程。污染物是烘干過程產生的惡臭氣體和職工日常生活廢水、垃圾，而烘干用的熱風爐是否對環境造成污染要根據具體情況分析。
②水解處理法。水解處理法的主要污染工序是有機肥清罐、干燥過程。污染物是清罐、干燥過程產生的惡臭氣體和職工日常生活廢水、垃圾，而蒸汽爐是否對環境造成污染要根據具體情況分析。
③條垛式堆腐法和棚式發酵法。這2種主要污染工序是堆放、發酵過程和輔料粉碎過程。污染物有堆放、發酵過程產生的臭氣，輔料粉碎過程產生的粉塵和職工日常生活廢水、垃圾。
④圓筒發酵法。缺點是發酵不充分，主要污染工序是二次發酵和輔料粉碎過程。污染物有二次發酵過程產生的臭氣、輔料粉碎過程產生的粉塵和職工日常生活廢水、垃圾。生產用的熱風爐或蒸汽爐是否對環境造成污染要根據具體情況分析。
⑤塔式發酵法和禽畜糞便處理設備生產有機肥法。主要污染工序是物料堆放、發酵過程和輔料粉碎過程。污染物有發酵過程產生的臭氣，輔料粉碎過程產生的粉塵和職工日常生活廢水、垃圾。
有機肥生產廠產生污染物環節不單單在加工過程，不少生產廠在備料階段就有污染物產生，特別是那些需要從畜禽飼養場收集畜禽糞便的有機肥料生產廠，在原料收集、運輸、暫存過程就會產生臭氣，招來蚊蠅。出現這種情況原因有2個：一個是畜禽糞便中含有大量的有機質和較多的氮磷鉀養分，在排出畜禽體外后會迅速發酵，產生硫化氫、氨、胺類、揮發性有機酸等惡臭物質，特別是其中氨的揮發在畜禽糞便排放當天就會產生，在畜禽糞便氨的揮發過程中，除馬糞的氨揮發量極低且沒有揮發高峰外，其余畜禽糞便的氨揮發高峰期一般在2d內即可達到，其中只有豬糞稍晚至4～6d到達。另一個是有機肥生產廠為保證原料的充足和生產的連續性，將收集的大量畜禽糞便存放在庫房或暫存場沒有及時處理引起的。
