有機肥發酵的整個工藝流程可以簡單分為前處理、一次發酵、后處理三個過程。
前處理：堆肥原料運到堆場后，經磅秤稱量后，送到混合攪拌裝置，不能廠內生產、生活有機廢水混合，必須用清水。然后加入有機生物發酵復合菌（每噸原料加1-2kg），并按原料成分（雞糞：木薯渣或菇渣：秸稈=6：2：2）粗調堆有機肥料水分60%-65%、碳氮比為20-30，混合后進入下一工序。配料時須加入有機肥發酵生物菌充分攪勻，然后將稀釋液均勻潑灑在原材料上，并用攪拌機充分翻攪均勻。
注意：堆肥原料應提前幾個小時處理，用水浸透，用于稀釋生物發酵菌的水應視不帶消毒劑（如漂白粉等）的飲用水。
一次發酵：將混合好后的原料用裝載機送入一次發酵車間，堆成發酵堆，同時2天左右進行翻堆，并補充水分和養分，控制發酵溫度在50℃～65℃（用手摸燙手），進行有氧發酵，本工程一次發酵周期為8天，每天進一池原料出一池半成品，發酵好的半成品出料后，準備進入下一工序。
后處理：進一步對堆肥成品進行篩分，篩下物根據水分含量高低分別進行處理。篩下物造粒后，送入烘干機，進行烘干，按比例添加各種添加物后攪拌混合后制成成品，進行分裝，入庫待售。篩上物返回粉碎工序進行回用。
綜上所述，整個工藝流程具體包括新鮮作物秸桿物理脫水→干原料破碎→分篩→混合(菌種 鮮畜禽糞便 粉碎的農作物秸桿按比例混合)→堆腐發酵→溫度變化觀測→鼓風、翻堆→水分控制→分篩→成品→包裝→入庫。
