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堆肥有機物構成的復雜性決定了堆肥過程的復雜性,也決定了作用衛生組成的多樣性,接種單一微生物很難滿足堆肥化的這種多樣化需求,所以一般應選用符合微生物發酵接種劑。
在菌種的選擇上,首先要考慮生態安全性,沒經菌種安全評價或農業部登記的制品不能選用;
其次要根據有機物的特點選用合適的菌種,不同的菌種制品各有其特點,但任何菌種都不是萬能的,生產企業應柑橘有機物類型、產品目標選用合適菌種制品;
第三是不具備規范的工業文化生產條件生產的菌種,以及沒有菌種保藏措施下連續擴繁的菌種不得選用,發酵菌種的研制和生產是個復雜和規范的過程,只有具備相關條件的機構才能生產出合格的制品;
第四是實驗室菌種慎重選用,由于實驗室菌種沒有經過工業化過程,批量有限,并且無法提供菌種在堆肥產生化生產中的相關參數。