溫度是堆肥的一個關鍵質保。系統會不會升溫？升溫多高？它能保持多久？原料配比怎樣影響溫度？所有這些都是堆肥工作人員所關心的。
熱量是由微生物降解有機物產生的，可以根據堆肥溫度來判斷系統進行得怎樣，以及分解過程怎樣。堆肥溫度不能太低也不能太高。溫度低溫生物的反應速率慢，發酵時間長，易產生臭氣且不能達到高溫殺滅致病菌即無害化的要求；溫度過高如超過70℃時，殺滅致病菌的同時也將放線菌、嗜熱菌殺死，不利于堆肥進程。因此堆肥適宜溫度為50～65℃.例如，如果堆肥溫度達到40～50℃時，則可以推斷堆肥組分含有足夠的氮和水分供微生物快速增長。
讀取溫度時，一定要確保將溫度計深入堆肥內部，將溫度計放置一會兒，使溫度穩定后再進行讀數，然后將其移至一新位置。堆肥的溫度有高有低，這主要取決于水分含量和堆肥組分的化學組成。堆肥溫度變化有一定的梯度變化規律，對于底部有通風的系統，溫度最高的位置大約在離底部2/3或更高的一點的地方
