2006年以后，生物技術類的專業人才才開始多起來（植保、環境等相關專業對發酵這一塊不深入或不涉及），但從事固體發酵這一塊的卻很少，目前很多所從事有機肥的老板和生產技術人員大多是從化肥行業轉過來的，缺乏生物方面或（和）種植方面的系統專業知識。由于沒有相關專業的技術人員，企業在生產過程中力不從心，生產過程大多是企業間相互參照做法或受賣菌種、賣設備的不良引導，結果都是難以做出好肥。
有機肥的使用出現效果不佳的原因很多，在此分兩大類（不包括病害這一類），第一類是企業生產控制方面的原因，第二類是使用方面原因，我們主要結合參考無土栽培技術來論述．
第一類：企業生產控制方面的原因里面涉及到質量控制，在這里重點討論養分、pH、氯離子含量、含鹽量、陽離子交換量、腐植酸、小分子脂肪酸、重金屬、有害微生物等因素，這些內容有很多并不出現在有機肥料行業標準里面，但卻不得不注意。
1. 養分。由于原材料本身養分低或發酵生產工藝原因，有些企業的有機肥發酵出來，其養分并不合格，加上有些廠連化驗室都沒有，一批產品就這樣邁向了市場。有些企業檢測發現養分不夠，但也舍不得添加化肥補充，也使這些產品邁上了市場。無肥料登記證的企業所生產出來的產品，并不在市場上流通，一般是直接面向用戶，這一塊特別難以監管。
2. pH。原材料本身pH就各有不同，在發酵過程中，pH變化也較大，如果發酵過程控制不好，有可能發酵出來會發現pH在8.5以上，或5.5以下。特別是過酸的產品會導致農作物生長受阻或死亡，而過堿的有機肥料，由于南方土壤普遍偏酸，危害反而不大。
3. 氯離子含量。一般沒有人會去檢測氯離子含量，但有些原料卻含有不少的氯離子，特別是在嚴重忌氯的作物上使用時，會出現嚴重問題。也有些廠家使用氯化銨這一類含氯化肥加入到有機肥中，以提高總養分中的氮，這也是導致氯離子含量增高，影響農作物的生長。
4. 含鹽量。肥料鹽份高，就好像把一包食鹽灑到有限的地里，作物很受影響。一般來說，生活污泥、廚余垃圾等原料的鹽份較高，不耐鹽的作物會出現黃葉、掉葉、萎蔫、死亡等現象。聶永豐認為，當堆肥EC值小于9.0ms/cm3時，對種子發芽沒有抑制作用。
5. 陽離子交換量。一般腐熟的有機肥，其陽離子交換量大，保肥肥力[2]，緩沖能力強，對pH、鹽份有很好的緩沖作用，對于維持土壤的良好狀況有著很重要的作用。而沒有腐熟的有機肥甚至是曬干就賣的糞便，其陽離子交換量極低，起不到應有的緩沖效果，相反，還會危害土壤本身的緩沖效果，造成作物生長障礙。
6. 腐植酸。新鮮原料幾乎不含有腐植酸，腐植酸是在有機肥發酵生產過程中不斷產生的，以高溫發酵（大于50℃）尤為明顯。腐植酸與銨、鉀、鈉結合，具有刺激作物生長的功能，也具有易吸引的效果，也可提高作物抗逆性，促產，促萌發，腐植酸更可因為其交換能力而增強土壤緩沖能力。
7. 小分子脂肪酸。Ciavatta，等認為認為低級脂肪酸對種子發芽和植物生長有不良影響。小分子脂肪酸易招引蒼蠅，這比較容易觀察出來，一般來說，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鮮雞糞等。其所帶來的危害是：小分子脂肪酸會抑制種子萌發，會抑制根系生長。
8. 重金屬。重金屬會在植物中積累，最終通過食物鏈集中到人身上，對人造成傷害。同時重金屬也會對農作物的生長造成損害。由于設備昂貴，大部分企業是沒有設備對重金屬進行檢測的，農資市場到現在才多見執法部門對重金屬進行檢測。
9. 有害微生物。堆肥溫度在50℃以上的時間不少于5天，可以殺死病原菌及蟲卵，達到無害化。但實際上很多廠家有機肥生產過程中，由于工藝水平原因，未能達50℃以上或達到了卻時間維持過短，大部分蛔蟲卵、大腸菌群等未能大部分殺滅，這就影響了作物健康生長。
第二類：有機肥使用效果不佳，與肥料銷售員的推廣誤導有關，也與用戶自身知識和習慣使用有關。優質的土壤要能為植物生長提供穩定、協調的水、肥、氣、熱根際環境條件，具有支持錨定植物、保持水分和透氣的作用，還具有緩沖作用，使根際環境保持相對穩定。優良的土壤在物理性質上，固、液、氣三相比例恰當，容重、總孔隙度、大小孔隙比都要較為適宜；化學性質上，陽離子交換量大，基質保肥性好，pH值接近中性， 并具有一定的緩沖能力， 具一定的C/N比以維持栽培過程中基質的生物穩定性。我們所生產出來的有機肥正是要向著這個目標去改良土壤。
第二類原因可以簡單歸為一句：使用方法不對。這里簡單介紹幾個不對的使用方法。
1. 追肥。用戶把有機肥當化肥來追肥，沒能及時蓋土，肥料只在土壤表面，不能與土壤充分進行接觸，不能起到改良土壤的效果，加上日曬雨淋，有益的微生物不能起作用，養分也會隨水流失，有機肥的緩沖能力、蔬松土壤、持水透氣、保溫保肥等等的功能也都體現不出來。
有機肥應當作為基肥使用，最好與土壤進行混合，但起碼也要做到不裸露在土壤表面，如溝施，但目前不少地方存在著企業或（和）業務員聯合誤導農民，目的是為提高農民對肥料的使用量。
2. 有機肥與作物直接接觸。有些種植戶擔心肥效不夠，或想盡快見效，把種子直接種在了有機肥料上面，或把有機肥與作物直接接觸，這樣的后果是種子出苗后會爛根死亡，作物萎蔫甚至死亡。
3. 新鮮糞便直接使用。施用新鮮糞便就好像廠家賣用戶未腐熟有機肥一樣，但出的問題更加嚴重。
結語：總之，我們呼吁肥料生產單位要加強自身素養，做出優于國家標準的肥料，主動完善各方面實際上的不足，而不是產品滿足國家標準即可。同時，經銷商、廠家要合理引導種植戶向正確方面邁進，而不是通過引導種植戶走向誤區來促進肥料的銷售。
