使用微生物肥料旨在改善土壤營養狀況，增加植物營養元素供應，產生植物激素促進植物生長和減輕植物病害等。概括起來主要有5個方面的作用：
（1）增加土壤肥力。肥料中的固氮菌可以增加土壤中的氮元素的含量，硅酸鹽類微生物可以將土壤中難溶態的磷、鉀降解成可被農作物吸收利用的狀態，從而改善作物生產時土壤環境中營養元素的供應狀況，同時增加土壤有機質含量，提高土壤肥力。
（2）產生植物激素促進植物生產。許多微生物能夠產生植物激素，如生長素、吲哚乙酸、赤霉素等，可以刺激和調節作物的生長，使植物生長健壯，營養狀況得到改善。
（3）對有害微生物的生物防治。一方面微生物肥料中含有某一類拮抗菌，可以抑制病原菌的生長；另一方面，接種的微生物在根際大量生長繁殖，作為優勢菌限制其他病原微生物的繁殖機會，從而起到減輕植物病害的作用。
（4）協助植物吸收營養。VA菌根是一種土壤真菌，可以與多種植物根共生，其菌絲能夠伸出根部很遠，可以吸收更多的營養供給植物吸收利用，其中對磷的吸收最為明顯，另外，對鋅、銅、鈣等也有加強吸收的作用。
（5）減少化肥施用量，降低成本。使用微生物肥料能夠適量減少化肥的用量，另外生物無肥料所消耗的能源要少，成本更低，有利于生態環境保護。
