堆肥過程的初期加入微生物，其目的是促進堆肥腐熟，縮短堆制周期。
傳統的堆肥法堆肥腐熟的時間常需2個月，堆制過程中堆肥周圍惡臭難聞，污水流淌，蚊蠅滋生，成為農業環境屮重要的 污染源。因此如何縮短堆制時間，使新鮮畜禽糞便快速腐熟， 是現代農業生產中急待解決的問題。由于 傳統堆肥腐熟過程 主要是一個由自然微生物參與的生理生化過程，因而有可能利用添加外源微生物來加速該過程。
接種微生物促進堆肥腐熟的機理有:①提高堆肥初期微生物的群體，增強微生物的降解活性；②縮短達到高溫期的時間； ③接種分解有機物質能力強的微生物。一些從堆肥屮分離出 來的高溫菌、中溫菌、放線菌和真菌常作為堆肥接種劑加速細 胞壁和木質素、纖維素水解，促進腐殖化過程。目前應用的主 要三種接種劑：微生物培養劑，營養添加劑，有效的自然材料。 有效自然材料主要是指糞便堆肥、牛糞、耕層土壤和菜園土壤等，其中含有種類極其豐富的微生物群體。
