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常規農業以大量的化肥來維持產量,不合理施用化肥導致土壤有機質含量降低。但有機農業理論認為土壤是個有生命的系統,施肥首先是培育土壤,再通過土壤微生物的作用來供應作物養分。因此,有機農業要求利用有機肥和合理的輪作來培肥土壤,提高土壤有機質含量和腐殖質質量。根據有機生產為一相對封閉的養分循環的原理,一方面投入土壤的有機物質應盡可能地來自本系統,也即要盡可能地將系統內的所有有機物質歸還土壤,另一方面是所投入的有機物質要保持一定的礦化分解速率,以滿足作物生長的需要,另外有機生產過程中還要盡可能地提高土壤有機物質的腐殖化系數,減少土壤養分的流失,提高養分的利用率。因此有機農業土壤培肥與土壤有機質的腐殖化與礦化有密切的關系。