以前養雞數量很少的時候，雞糞是很好的農家肥料。特別是我國又是一個農業大國，雞糞是很好的有機肥料，但是隨著化肥的普及，越來越少的種植戶會采用有機肥。養雞場的數量越多和規模也越來越大，需要雞糞人越來越少，雞糞越來越多，此消彼長，雞糞現在可以說是所有養雞場頭痛的問題。
雞糞雖然是一種比較優質的有機肥，但是雞糞沒有經過發酵是不能直接施用的，雞糞直接施在土里的時候，它會直接在土里發酵，發酵時候產生的熱量會影響農作物果苗等生長，燒毀農作物的根系，這就是所謂的燒根了。
以前也有人將雞糞作為牛、豬等的飼料，但是也是由于工藝比較復雜。很難成規模化去運用；有些人也把雞糞烘干，但是把雞糞烘干消耗了太多的能量，成本太高，也不是一個可持續發展的模式。
經過人們長期的實踐，雞糞發酵依然是一個比較可行的方法。雞糞發酵分為傳統發酵以及微生物快速發酵。
一、傳統發酵
傳統的發酵需要時間比較久，一般需要1到3個月的時間。而且周圍惡臭難聞，蚊蠅大量滋生，環境污染十分嚴重。當雞糞比較濕的時候，需要加以輔料，需要的人工比較多。在發酵的過程中，要用采用翻耙機翻耙，是一種比較原始的處理方式。
雖然傳統發酵的設備投入比較低，但是如今人工高昂的情況下，采用傳統發酵處理1噸的雞糞成本也是比較高的，將來傳統發酵將會被淘汰。
二、微生物快速發酵
微生物快速發酵是將復雜的有機質分解成簡單的有機質，也將有機質分解成更復雜的有機質，是有機物不斷降解和分解，直到分解成可以被土地利用的有機肥。有機物礦質化為微生物提供養分，產生較多的二氧化碳水及其他養分物質，分解速度加快，而且徹底并放出大量的熱量。所以發酵速度是非常快的，一般從雞糞變成有機肥，只需一個星期左右的時間。
微生物快速發酵，采用的原理就是：生物質在合適的溫度下，也非常適宜的環境下快速繁殖，快速分解，一般在45到70度的范圍內，微生物生長的代謝非常的快，同時也把糞便中的細菌及有害物質等殺死。采用一個比較封閉的小環境下，微生物可以持續的發酵，只需要通過正常的加料，生產出料等過程，就可以快速將雞糞轉化成有機肥。
經過微生物快速發酵的處理后的雞糞，沒有一點的臭味，而且含水量只是在30%左右。而且微生物快速發酵能夠徹底將有害的氣體處理之后再排放，完全沒有一點會污染環境。利用微生物快速發酵的方法，能夠改善飼養環境，提高生產效益，生產出來的干雞糞更是綠色食品，有機產品等的優質肥料。
