近幾年來，在農業生產中，過量注重使用無機肥料，輕視有機肥的使用，使得土壤物理、化學、生物形狀發生了很大的變化，突出表現在以下7個方面：酸、瘦、饞、雜、臟、咸、板。
我國土壤有機質含量下降，土壤有機質品質老化、活性降低、更新速度慢，作用減弱；土壤中養分：氮、磷、鉀之間不平衡，氮、磷、鉀與中微量養分之間不平衡，中微量養分缺乏或被土壤固定。有機無機粘粒復合膠體，各營養元素處于高分子整合態，吸附解析，釋放均衡高效，養分、水分隨用隨取，使土壤穩、勻、足、適的對植物供應水、肥、氣、熱。土壤中水、氣共占一個空間，二者很容易出現矛盾，造成土壤板結植物根系生長受阻；中、微量元素肥料的施用未引起足夠的重視，造成養分不平衡加劇，蔬菜生理病害增多。
"板結"主要原因：
1、有機質低緩沖性差，
2、土壤結構破壞化肥，
3、大水漫灌，
4、無深耕細作；危害：不透氣水份低，保水保肥性差，根系生長受阻。
當前土壤耕層存在的問題：
土壤耕層變淺，犁底層上移、加厚，影響降水潛入土壤深層、阻止根系下扎，不利于蓄水保滴和根系對深層土壤水份的吸收利用。原因：耕層變淺，犁底層加重，活土量減少，土壤結構變差，生產能力下降。有機無機粘粒復合膠體是土壤團粒體的重要膠結劑，在鈣離子的作用下，能夠形成穩定性團粒結構，調節水氣熱平衡，使土壤變得疏松通氣保暖，更具有保濕保溫性能；超濃度高效的有機無機復合膠體金利，報酬遞減并威脅環境。
我國土地施肥存在的問題是：
重數量、輕質量、重無機、輕有機，造就化肥增產效果逐漸降低；氮肥平均利用率為30%~35%，磷肥平均利用率為10%~20%，鉀肥平均利用率為35%~50%；發達國家氮磷鉀肥利用率均達到50%左右。土壤酸化滋生真菌，青枯根、腐根、腫病、線蟲害加重；氫離子對吸收其它陽離子生產拮抗作用，土壤結構被破壞，土壤板結，各種離子大量析出對作物產毒害作用。優勢微生物具有：土壤抗性，物質轉化，土壤健康，環境容量，養分循環，緩沖性能。
土壤污染的因素有：
農用殘膜、放射性元素、病菌物質，重金屬、抗生素、化肥農藥，影響農作物生長和農產品品質進而影響人類健康。
在我國肥料發展史中，出現過三個不同的發展階段：
第一階段為70年代前氮制約階段；那時開始使用氨水、碳酸氫銨、硫酸銨等；
第二階段為70之90年代間磷制約階段，此階段開始認識并使用過磷酸鈣、鈣鎂磷肥、磷酸二銨等；
第三階段為90年代至本世紀初鉀制約階段，此階段開始認識并大量開始使用復合肥和配方肥。而現階段則是碳和中、微量元素制約階段。為什么這樣說呢？因微生物在土壤中活動，除具備合適的水分、溫度、酸堿度等重要的是具備合適的碳氮比。一般微生物活動適宜的碳氮比為25-30之間，過大微生物分解速度慢，過小分解速度快，而現在土壤有機質含量低，碳含量少，在一定程度上影響了微生物的活動。
由此微生物肥料在當今顯得特別重要，責任重大：
1、促進快速生長：菌群中的巨大芽孢桿菌、膠凍樣芽孢桿菌等有益微生物在代謝過程中產生大量的植物內源酶，可明顯提高作物對氮、磷、鉀等營養元素的吸收率。
2、調節生命活動，增產增收：菌群中的膠凍樣芽孢桿菌、側孢芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌等有益菌可促進作物根系生長，須根增多。有益微生物菌群代謝產生的植物內源酶和植物生長調節劑，經由根系進入植物體內，促進葉片光合作用。
3、提高品質：菌群中的側孢芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、凝結芽孢桿菌等可降低植物體內硝酸鹽含量，能降低重金屬含量，可使果實中Vc含量提高，提高可溶性糖度。乳酸菌、嗜酸乳桿菌、凝結芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌等可提高果實中必需氨基酸、維生素和不飽和脂肪酸等的含量。果實口感好，耐儲藏，賣價高。
4、分解有機物質和毒素，防止重茬：菌群中的米曲菌、地衣芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌等有益微生物能加速有機物質的分解，為作物制造速效養分、提供動力，能分解連作有毒有害物質，防止重茬。
5、保護土壤根基環境：菌群中的地衣芽孢桿菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成為優勢菌群，控制根基營養和資源，使重茬、根腐病、立枯病、流膠病、灰霉病等病原菌喪失生存空間和條件。使植物根系細胞的細胞壁增厚，纖維化、木質化，并生成角質雙硅層，形成阻止病原菌侵襲的堅固屏障。
6、增強作物的抗逆性：菌群中的地衣芽孢桿菌、巨大芽孢桿菌、側孢芽孢桿菌等有益微生物可增強土壤緩沖能力，增強作物抗旱、抗寒、抗澇能力;同時側孢芽孢桿菌還可強化葉片保護膜，抵抗病原菌侵染，使作物抗病，抗蟲。
