有機肥原料一般來源于畜牧業和農業固體廢棄物。適合制作有機肥的原料很多，要選擇合適的原料，首先要了解各種原料的基本性質，特別是一些適合于產業化、商品化生產的特性。例如，原料的來源是否廣泛、穩定，原料的各項養分指標是否滿足制作有機肥的要求，原料是否能夠快速腐熟等。
按使用量劃分，原材料可以分為主料和輔料兩種類型。
主料就是有機肥生產的主要原料，通常這類原料占物料的比例為60%?80%。主料由一種或幾種原料組成，常見的有畜禽糞便、沼渣等。
輔料主要是用來調節物料水分、C/N、pH、 通透性的一些原料，由一種或幾種原料組成。通常這類原料占整個物料的比例不超過40%，單一物料比例不超過20%。常見的有作物秸稈、蘑菇渣、粉煤灰、生石灰、凹凸棒粉、過磷酸鈣或磷礦粉等。
按原料性質劃分，原材料可以分為碳原料、氮原料、調理劑原料等類型。
碳原料是指那些有機碳含量高的原料，如農作物秸稈、粉煤灰等。這類原料可以 作為有機肥的主要輔料，用來調節水分、C/N和增強物質的透氣性。
氮原料通常是指那些C/N值在30以下的原料，這類原料是有機肥的主料，如畜禽糞便、沼渣等。也有工廠把尿素作為用來調節C/N的高氮原料，但這不是主料。
調理劑原料主要是指加入堆肥中用來調節原料混合物的性質的物料，如pH、水分、C/N等。例如，堆肥中加入少量石灰和草木灰，中和有機物腐解中產生的有機酸以調節酸度；加入一些粉碎的黏土、草炭、鋸末等吸附性強的物質，用于吸附腐解過程中釋放的氨，以保全養分，提高有機肥質量。加入一些鋸末、秸稈粉等調理劑，用于平衡堆肥原料中含水率和增加物料中的有機質數量，可以防止物料中含水量過高等。
