(1)廢棄物的收集、轉運比較麻煩，不易進行機械化處理，建議利用中轉堆放場進行收集存放，在降低人工作業強度的同時，降低糞污含水率，有條件的可以采用集裝箱存放，以便二次運輸。
(2)在進行塔式發酵堆肥時，需要慎重選擇機械設備，盡可能在保證堆肥效率的同時，降低運行能耗，以體現機械化生產的優勢。
(3)在堆肥前期往往排出大量臭氣，對于這些廢氣一般要收集起來通入除臭堆中進行，或者采用膜發酵技術，加入微生物后堆肥，覆膜發酵。對于造粒機、干燥機等產生的含塵尾氣，可利用旋風除塵器、箱式除塵器、重力沉降室等進行處理，將其中的絕大多數粉塵除掉，回收的粉塵可送回進行重新造粒。除塵后的尾氣送入洗滌塔內用循環洗滌液進行反復淋洗，符合規定的空氣排放標準后才能排放。噴淋用的洗滌液進入沉降池中，其中部分用于自身循環，部分用于造粒環節，沉降內要定期補充清水以維持正常循環。
