土壤中的有機質能顯著改善土壤的理化性狀，使土壤耕性變好，滲水能力增強，提高土壤蓄水、保肥、供肥和抗旱防澇能力，增產明顯，這是化肥不能替代的，增加土壤有機質的方法主要是增施有機肥。當前國家大力提倡有機肥生物有機肥的施用。
有機肥的具體作用
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生物有機肥中有大量的有益微生物，能分解土壤中的有機物，增加土壤的團粒結構，改善土壤組成。微生物在土壤中的繁殖速度非常快，他們就像一張看不見的大網，錯綜復雜。微生物的菌體死亡后，在土壤中留下了很多微細的管道，這些微細的管道不但增加了土壤的透氣性，而且還使土壤變得蓬松柔軟，養分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤的板結。
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生物有機肥中的有益微生物還能抑制有害病菌的繁殖，這樣我們就可以少打農藥，如果連續多年施用，可以有效抑制土壤有害生物，省工、省錢、還無污染。
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土壤中的微量元素95%以不溶態形式存在，不能被植物吸收利用，而微生物代謝產物中含有大量的有機酸類物質，這些物質就像在冰塊中加入的熱水一樣，很快就能把微量元素鈣、鎂、硫、銅、鋅、鐵、硼、鉬等植物必需的礦物元素溶解，變成可以被植物直接吸收利用的營養元素，大大增加了土壤的供肥能力。
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生物有機肥中的枯草芽孢桿菌等有益微生物利用土壤中的有機質，產生次級代謝物，其中含有大量的促生長類物質。如生長素，能促進植物伸長生長，脫落酸，能促進果實成熟，赤霉素能促進開花坐果，增加開花數、保果率，提高產量，使果實飽滿，色澤鮮嫩，還能提早上市，達到增產增收。
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有機肥中的微生物具有很強的生命力，在土壤中長期存活，固氮菌、解磷、解鉀菌等微生物，可利用空氣中的氮并釋放土壤中不易被作物吸收的鉀和磷，持續供給作物養分。所以有機肥還具有長效性。
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據相關數據證實我們實際生產中化肥的利用率只有30%～45%。損失的化肥一部分分解釋放到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，不能被植物直接吸收利用，而且還會造成土壤鹽漬化和板結等不良后果。當我們施入有機肥后，其有益生物活動就能改善土壤結構，增加土壤保水保肥能力，從而減少了養分的流失。加上有機質有益微生物解磷解鉀作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。
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有機肥可以增加作物產量，改善農產品質量 在同等營養元素的條件下，有機肥與化肥相比較，在作基肥施用時，一般有機肥比化肥效果要好，在作追肥施用時，經過充分腐解的有機肥其效果常常也比化肥要好。尤其是提高農產品品質比化肥更為有利。我國農民有使用有機肥的傳統，十分重視有機肥的使用。美國、西歐、日本等發達國家，正在興起”生態農業””有機農業”，十分重視使用有機肥料，并把有機肥料規定為生產綠色食品的主要肥源。
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有機肥能促進土壤微生物生長，促進作物吸收利用 有機肥料含有大量的有機質，是各種微生物生長和繁衍的最好場所。有機肥的有機物在腐熟過程中還能產生各種酚、維生素、酶、生長素及類激素等物質，促進作物根系生長和對養分的吸收。
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減少養分固定，提高養分的有效性 有機肥含有許多有機酸、腐植質酸及其他羥基類物質，它們都具有很強的螯合能力，能與許多金屬元素螯合形成螯合物，可防止土壤對這些營養元素的固定而失效。如有機肥與磷肥摻合施用，有機肥中的有機酸等螯合物能將土壤中活性很強的鋁離子螯合，可防止鋁與磷結合形成作物很難吸收的閉蓄態磷，大大提高土壤有效態磷含量。
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加速土壤團聚體的形成，改善土壤理化性質 有機—無機團聚體是土壤肥沃的重要指標，它含量越多，土壤物理性質越好，土壤越肥沃，保土、保水、保肥能力越強，通氣性能越好，越有利于作物根系生長。
