有機肥生產的發酵環節主要是提供有利于廢棄物發酵的菌種、輔料及溫濕度環境等，促使畜禽廢棄物快速發酵，然后再通過一定的造粒手段進行處理，最終得到富含氮磷鉀等植物營養元素的有機成品。目前比較常用的有機肥發酵技術包括堆式發酵和反應器發酵兩大類，其中，堆式發酵屬于比較傳統的發酵技術，其基本過程如下：首先對畜禽廢棄物進行脫水、除雜等預處理，然后加入特定的微生物發酵菌種和輔料調理劑，再置于攪拌機中，待物料充分攪勻后再運至合適的地方堆置發酵，根據具體工藝情況的不同，有時需要定期翻推，以確保空氣流通，保證氧氣供應，并及時將發酵產生的過量潮氣排出。根據堆肥方法的不同，堆式發酵可分為條垛堆肥、通氣堆肥、槽式堆肥等，不同的堆肥方法在占地面積、發酵時間、產量等方面各有不同。
（１）條垛堆肥，需在 ２０ ℃ 環境下腐熟１５～２０ｄ ，期間適時進行一兩次翻堆，再靜置２～３個月，便可徹底腐熟。條垛堆肥的優點在于操作技術簡單，可隨意調節堆垛長度，且無需投入昂貴設備，但缺點是腐熟過程耗時較長，且 堆 高 較 低，一 般 不 超 過１.２ｍ ，需占用大量場地。
（２ ）通氣堆肥，即利用風機、多孔管道等對堆肥內部進行通風供氧，這樣能夠大大縮減發酵腐熟的時間，一般４周左右即可，并且可以將堆肥高度提高到２ｍ 左右，從而減小場地占用，但缺點是打造通風系統需要一定的成本投入，并且需要增設除臭系統以滿足相關環保要求。
（３ ）槽式堆肥，即將堆料放到長槽式裝置中發酵，令攪拌機沿著槽的縱軸方向來回移動攪拌，這個過程也能起到供氧作用。采用槽式堆肥時，一般控制料深在１.２～１． ５ｍ 之間， ３～５周后即可發酵完全，但其設備投入及運行成本比條垛堆肥和通氣堆肥要高一些，且攪拌結構易被糞便腐蝕和磨損，要定期給予維護或換新。與堆式發酵相比，反應器發酵是更為先進的發酵工藝，具體分為塔式、水平式、斜式轉筒幾種不同類型，對國內而言，目前應用最為成熟的是塔式發酵技術，其處理過程如下：首先對畜禽糞便進行預處理，然后加入菌種、輔料，于攪拌機內攪勻，再用皮帶運輸機運至發酵塔頂層，之后每天翻塔一次，只需７ｄ即可發酵完成。不難發現，與傳統的堆式發酵工藝相比，塔式發酵的占地面積小、發酵速度快、處理能力強，能夠更好地滿足畜禽養殖廢棄物處理的需要。
