具體的流程如下：
首先需要肥料登記證：
生產生物有機肥需要申請肥料登記證，許多肥料企業準備生產微生物有機肥，那么生物有機肥需不需要申請肥料登記證呢？當然需要。生物有機肥屬于微生物肥料的一種，其執行標準為NY884-2012生物有機肥，指標要求：有效活菌數大于等于0.2億/克，有機質含量大于等于40.0%，需要辦理微生物肥料的登記證。該類肥料為農業部負責登記，具體程序可咨詢地區肥料登記管理處（土肥站）。
總體要求：
1.申請者應是經工商行政管理機關正式注冊，具有獨立法人資格的肥料生產者。并具備微生物肥料生產設備、化驗檢測設施，能夠開展生物有機肥的生產和質量檢驗。國外及港、澳、臺地區肥料生產者可由其在中國設的辦事處或委托的代理機構作為申請者。
2.申請肥料登記應當按照登記類型填寫申請表和提供相關資料。申請者所提供登記資料，應列出總目錄，包括所有資料的標題、排列位置和頁碼。根據《肥料登記管理辦法》，肥料登記分四種類型：
（1）經田間小區試驗后，需要進行田間示范試驗、試銷的肥料產品
上交一份《可行性研究報告》至工信局立項→環保部門（環評）→發改委（正式立項）→辦理工商營業執照→稅務登記證→組織機構代碼證→注冊資金（銀行開戶）
1、成立公司，經營范圍必須包括“有機肥”，準確地說應該是“精制有機肥”。辦公司需要的手續你看《公司法》就可以了。拿到營業 執照之后還要完善公司所需要的一切手續，包括稅務登記、企業代碼證等。
2、創辦工廠。肥料登記申請過程中，相關的人員會來廠里取樣拿去化驗。進廠取樣其實有兩個目的，一是看你的廠房是否 規范，二是親自取樣檢測你的產品是否達標。所以，你事先得搞個像樣的廠起來。
3、申請商標。必須申請自己的的商標。這個比較麻煩，因為凡是你能夠想到的前50個好聽的詞都已經被人家注冊了商標，你的商標既要響亮，表現自己的品牌特征，又不能跟別人的重復。
4、產品自檢。自己反復試驗，使自己的產品能夠達到NY525-2012標準，就是氮磷鉀總養分要≥5%，有機質≥45%，水分≤30%，這些是主要指標，還有PH值、重金屬等多項指標，都要符合要求。
5、提出申請。有了公司營業執照、工廠、自己的商標后，就可以向省農業廳提出肥料登記申請了。現在很多省已經實行政務大廳辦公制，在大廳受理之后就聽他們的指揮了。后面他們要做的就是到你廠里取樣。
6、領取肥料登記證。如果廠房和樣品檢測都合格，則由省農業廳辦發肥料登記證。
