畜禽糞便發酵后是一種優質的有機肥，養分含量豐富。既有大量的有機質，又有高含量的三要素養分。有機質含量25.5%，氮素1.63%，磷素1.54%，鉀素0.85%。糞便不發酵腐熟而直接施用到作物上會：
1、傳染害蟲。 糞便中含有大腸桿菌、方線蟲。 2、燒苗。不發酵的生糞等有機物料施到地里后，當發酵條件具備時，在微生物的活動下發酵，當發酵部位距根部較近且作物植株較小時，發酵產生的熱量會影響作物生長，燒毀作物根系。 3、臭氣。在分解過程中產生甲烷、氨等氣體，使土壤和作物產生酸，對作物根系損傷。
發酵好的有機肥（以雞糞為例）有什么作用：
1、產生多種和酶，控制重茬、根結線蟲。
2、含有益微生物菌群，能活化空氣中氮素、釋放磷鉀養分，補充土壤有機質。
3、土壤松軟，易耕作，促成土壤團粒結構，釋放土壤孔隙，促進根群生長。使土壤保水、保肥。
糞便有機肥生產線發酵方法：
發酵過程分為：堆肥、升溫、翻拋、無臭、松散、成肥。堆肥時畜禽糞便80%，秸桿20%，粉碎混合。秸稈與糞便的摻入比例可根據糞便含水量而定。一般發酵要求65%的含水量，也就是手捏成團，手指縫見水，但不滴水，松手一解即散。然后添加玉米面或者紅糖和菌種，用是增加糖分，供菌種發酵用，使多維復合酶菌很快占絕對優勢。將配好的混合料加入攪拌機進行攪拌，攪拌一定要勻，要透，不留生塊。
攪拌好的配料堆成寬1.5米-2米，高0.8米-1.2米長度不低于5米的長條，發酵過程注意適當供氧與翻堆（溫度升至75℃或以上時要翻倒幾次），升溫控制在65℃左右，溫度太高對發酵物有影響。
發酵物料的水分應控制在60～65%。過高過低均不利于發酵,水過少,發酵慢；水過多會導致通氣差、升溫慢，并產生臭味。
發酵初期溫度在60℃-80℃，消除了雞糞的臭味與其他菌；發酵堆肥中期物料變得松散干爽，長白色菌絲；發酵成熟期物料發出酒曲香味，菌肥便發酵成熟。
