畜禽養殖業對環境的影響主要是在畜禽排泄物—糞尿、固化廢棄物—病畜死尸、皮毛等及畜禽產品加工過程中產生的大量廢氣、廢水等處置不及時或處理不當而引起的危害。
1 ，污染水體 畜禽糞便堆放不當或施入農田后糞便中的有機物及礦物質會隨糞水及雨水， 通過地表徑流污染湖泊、河道、水庫等地表水， 或滲入土壤污染地下水。
據測定，畜禽糞便中含有氮、磷、鉀、鈉、鎂、鈣、鋁、鋇、鉻、銅、錫、鎳、鉛、硫等多種元素。這些物質超過環境容量時，就會產生環境污染。尤其是氮、磷等元素可引起水體富營養化， 促進藻類和其他水生
生物等大量繁殖，消耗水中的溶解氧，使水體變黑發臭，導致水體的進一步污染。
2， 污染空氣 畜禽糞便對空氣的污染主要是糞便有機物厭氧分解產生的惡臭、有害氣體以及攜帶病原微生物的粉塵。
研究表明，畜禽糞污中 20% － 30% 的氮為銨態氮，易揮發損失。銨態氮的揮發提高了雨水的 pH值。病原微生物主要是細菌和病毒。空氣中大量的病原微生物易造成疫病流行， 嚴重影響養殖生產和經濟效益，同時危害周圍居民的健康。
3， 污染土壤 近年來， 由于飼料中添加的銅、鋅以及各類微量元素， 農田中長期施用含有大量重金屬元素的畜禽糞便， 引起了土壤中的重金屬污染。
同時， 由于糞便中鹽分含量較高 ( 一般為 20% ～30% ) ，長期大量施用，又會造成土壤鹽漬化。另一方面，由于糞便中含磷量較高，N /P 比例不當，極易導致磷在土壤中積累而污染土壤。堆積畜禽糞便不但占用土地，而且可直接腐蝕農田，畜禽糞
便中的氮化合物在微生物作用下，可發生生化反應，結果可導致土壤硝酸鹽含量增高。當畜禽糞便大量施用農田后，也可引起有機質累積，陽離子交換量增加，導致土層突然板結。
4，有害病原微生物污染 畜禽體內的微生物主要通過消化道排出體外，糞便是微生物的主要載體。患病或帶病畜禽會隨糞便排出多種病菌和寄生蟲卵，如大腸桿菌、沙門氏菌和金黃色葡萄球菌、禽流感病毒和馬立克氏病毒，蛔蟲卵和球蟲卵等。
畜禽糞便中的病原微生物可以在較長時間內仍維持其感染性，如在室溫條件下，馬立克氏病毒可以維持 100 d，多殺性巴氏桿菌可維持 34 d， 流感病毒在 4℃ 環境條件下可維持 30 ～ 40 d， 如不及時處理，會成為危險的傳染源，造成疫病傳播。
5， 藥物添加劑污染 為防治畜禽疾病、增強其抗病能力，畜禽飼料中通常添加抗菌素， 有的還添加汞、砷等微量元素添加劑。
目前， 養殖業中盲目追求畜禽生長速度而濫用藥物添加劑的現象時有發生。許多藥物添加劑隨畜禽糞尿排出體外，若未經有效處理就用作肥料，不但污染環境，也會對人畜產生毒副作用。
