我國微生物肥料研發與生產存在亟待解決的問題較多，其中最為重要的是與微生物肥料的質量相關的保活材料。微生物肥料中菌的數量保持、菌的存活時間的長短是微生物肥料重要的指標，保護劑、助劑是確保微生物肥料質量的關鍵，是國外微生物肥料生產中的保密性最強的核心技術。我國由于缺乏這類核心技術，生物肥料產品中的菌株生存時間短、活性差，適應環境能力和生存定殖能力較低、產品效果不穩定及成本高等問題，導致生物肥料的大量生產和大范圍的應用受到限制。
我國生物肥料中的菌株存活時間較短，按照我國國家微生物肥料標準，固體菌劑中的有效活菌數在6~ 12個月保持2.0×l09cfu/g；液體菌劑中的有效活菌數3~6個月保持5.0 x l09 cfu/mL。遠遠低于國際現行技術能夠達到的標準。液體生物肥料中，高效的微生物肥料保護劑、助劑、分散劑的研究在我國仍相當落后。我國保持生物肥料的生理活性的核心技術比國外落后約30年，亟待加強能保持生物肥料的旺盛活力的生物保活材料的研究與開發。
生物有機肥原料復雜，施用肥料后易產生二次污染
生物有機肥原料復雜，可能存在一定數量的重金屬、農藥、飼料添加劑、抗生素等有害物質。當其施入土壤后，這些有害物質也隨之帶入土壤和環境中，會對環境產生負面的影響。
生產工藝有待改善
由于生物有機肥必須經過發酵、分解、粉碎、造粒過程，還必須加入或保留適量的有益微生物，這就要求生物有機肥有較高的技術含量。目前，我國的生產技術還不能完全滿意地解決上述一系列的問題。
展望
為了保證農業的可持續發展，加大生物有機肥料的開發、生產及應用成為一種必然的趨勢。可以相信，生物有機肥料將逐漸成為肥料行業生產和農資消費的熱點。生物有機肥的開發應用將會為綠色食品、有機食品產業化創造良好條件。同時通過有益微生物的處理加快有機廢棄物等資源化利用，降低有機廢棄物對環境等造成的污染。生物有機肥的發展將會由單功能向多功能方面發展，根據不同土壤和不同作物研制不同的配方，適合農業的發展。
