發酵是有機肥料生產的最關鍵工序，直接影響到有機肥料最終的產品質量。有機肥發酵工藝代表性的有厭氧發酵工藝和好氧發酵工藝，下面我們來看區別：
厭氧發酵
厭氧發酵是在無氧的條件下有機肥料分解的過程，其主要產物是甲烷、二氧化碳和許多低分子量的中間產物，如有機酸等。
厭氧發酵和好氧發酵相比較，單位質量的有機質降解產生的能量較少，而且厭氧發酵通常容易發出臭味。
由于這些原因，目前厭氧發酵大都是配套沼氣項目采用。厭氧發酵不但裝置投資大，而且還需要解決沼氣、沼液的使用問題。因此，大部分有機肥生產工廠都采用好氧發酵工藝腐熟制備原料。
好氧發酵
好氧發酵是在有氧的條件下有機物料分解的過程，其代謝產物主要是二氧化碳和水。好氧發酵是在微生物的作用下通過發酵使有機物礦質化、腐熟化和無害化而變成腐熟肥料的過程。在微生物分解有機質的過程中，不但生成大量可被植物吸收的有效態氮、磷、鉀等化合物，而且又合成新的高分子化合物——腐殖質，它是構成土壤肥力的重要活性物質。
好氧發酵示意圖
相比較厭氧，好氧發酵具有成本低、發酵產物生物活性強、肥效高、易于推廣的特點，同時達到了去臭、滅菌的目的，所以大部分有機肥生產工廠采用的是好氧發酵工藝。
